Note
Go to the end to download the full example code.
Subject Brain Plotting Example¶
Below is a code sample for plotting brain plots
import os.path
import mne
from ieeg.viz.mri import plot_subj, plot_on_average
misc_path = mne.datasets.misc.data_path()
sample_path = mne.datasets.sample.data_path()
raw = mne.io.read_raw(misc_path / 'seeg' / 'sample_seeg_ieeg.fif')
subjects_dir = os.path.join(sample_path, 'subjects')
Using default location ~/mne_data for sample...
0%| | 0.00/1.65G [00:00<?, ?B/s]
0%| | 3.42M/1.65G [00:00<00:49, 33.3MB/s]
0%|▏ | 6.75M/1.65G [00:00<00:53, 30.5MB/s]
1%|▏ | 9.82M/1.65G [00:00<01:09, 23.7MB/s]
1%|▎ | 12.3M/1.65G [00:00<01:27, 18.7MB/s]
1%|▎ | 14.4M/1.65G [00:00<01:27, 18.7MB/s]
1%|▎ | 16.3M/1.65G [00:00<01:27, 18.8MB/s]
1%|▍ | 18.6M/1.65G [00:00<01:24, 19.3MB/s]
1%|▍ | 21.2M/1.65G [00:00<01:17, 21.1MB/s]
2%|▌ | 24.8M/1.65G [00:01<01:04, 25.3MB/s]
2%|▌ | 27.5M/1.65G [00:01<01:03, 25.6MB/s]
2%|▋ | 30.1M/1.65G [00:01<01:04, 25.1MB/s]
2%|▋ | 32.6M/1.65G [00:01<01:05, 24.7MB/s]
2%|▊ | 35.3M/1.65G [00:01<01:04, 25.3MB/s]
2%|▉ | 40.4M/1.65G [00:01<00:49, 32.8MB/s]
3%|█ | 45.6M/1.65G [00:01<00:41, 38.3MB/s]
3%|█ | 49.8M/1.65G [00:01<00:40, 39.2MB/s]
3%|█▏ | 54.7M/1.65G [00:01<00:37, 42.2MB/s]
4%|█▎ | 61.3M/1.65G [00:02<00:32, 48.9MB/s]
4%|█▍ | 66.6M/1.65G [00:02<00:31, 50.0MB/s]
4%|█▌ | 71.6M/1.65G [00:02<00:36, 42.8MB/s]
5%|█▋ | 76.0M/1.65G [00:02<00:44, 35.8MB/s]
5%|█▊ | 79.9M/1.65G [00:02<00:49, 31.5MB/s]
5%|█▊ | 83.3M/1.65G [00:02<01:00, 25.8MB/s]
5%|█▉ | 86.2M/1.65G [00:02<00:59, 26.1MB/s]
5%|█▉ | 89.1M/1.65G [00:03<01:09, 22.5MB/s]
6%|██ | 91.9M/1.65G [00:03<01:05, 23.7MB/s]
6%|██ | 94.5M/1.65G [00:03<01:10, 22.0MB/s]
6%|██▏ | 97.8M/1.65G [00:03<01:03, 24.6MB/s]
6%|██▎ | 101M/1.65G [00:03<00:56, 27.3MB/s]
6%|██▍ | 106M/1.65G [00:03<00:49, 31.0MB/s]
7%|██▌ | 111M/1.65G [00:03<00:41, 37.2MB/s]
7%|██▋ | 115M/1.65G [00:03<00:44, 34.6MB/s]
7%|██▊ | 120M/1.65G [00:04<00:38, 39.9MB/s]
8%|██▊ | 125M/1.65G [00:04<00:36, 41.5MB/s]
8%|██▉ | 129M/1.65G [00:04<00:40, 37.9MB/s]
8%|███ | 133M/1.65G [00:04<00:41, 36.4MB/s]
8%|███▏ | 137M/1.65G [00:04<01:03, 23.8MB/s]
8%|███▏ | 140M/1.65G [00:04<01:05, 23.1MB/s]
9%|███▎ | 143M/1.65G [00:04<01:00, 24.9MB/s]
9%|███▎ | 146M/1.65G [00:05<00:58, 25.7MB/s]
9%|███▍ | 149M/1.65G [00:05<00:57, 26.3MB/s]
9%|███▍ | 152M/1.65G [00:05<00:56, 26.3MB/s]
9%|███▌ | 155M/1.65G [00:05<00:58, 25.6MB/s]
10%|███▋ | 158M/1.65G [00:05<00:52, 28.5MB/s]
10%|███▋ | 161M/1.65G [00:05<00:51, 29.0MB/s]
10%|███▊ | 164M/1.65G [00:05<01:00, 24.4MB/s]
10%|███▊ | 167M/1.65G [00:05<01:01, 24.0MB/s]
10%|███▉ | 169M/1.65G [00:06<01:15, 19.6MB/s]
10%|███▉ | 172M/1.65G [00:06<01:07, 21.9MB/s]
11%|████ | 175M/1.65G [00:06<01:19, 18.5MB/s]
11%|████ | 178M/1.65G [00:06<01:11, 20.5MB/s]
11%|████▏ | 181M/1.65G [00:06<01:03, 23.1MB/s]
11%|████▏ | 184M/1.65G [00:06<00:57, 25.4MB/s]
11%|████▎ | 187M/1.65G [00:06<00:53, 27.2MB/s]
12%|████▍ | 193M/1.65G [00:06<00:39, 36.6MB/s]
12%|████▌ | 200M/1.65G [00:06<00:33, 43.1MB/s]
12%|████▋ | 204M/1.65G [00:07<00:32, 44.2MB/s]
13%|████▊ | 209M/1.65G [00:07<00:31, 46.3MB/s]
13%|████▉ | 216M/1.65G [00:07<00:27, 51.4MB/s]
13%|█████ | 221M/1.65G [00:07<00:29, 48.4MB/s]
14%|█████▏ | 227M/1.65G [00:07<00:28, 50.6MB/s]
14%|█████▎ | 232M/1.65G [00:07<00:38, 36.8MB/s]
14%|█████▍ | 236M/1.65G [00:07<00:50, 27.9MB/s]
14%|█████▌ | 239M/1.65G [00:08<00:56, 24.9MB/s]
15%|█████▌ | 242M/1.65G [00:08<01:08, 20.7MB/s]
15%|█████▋ | 247M/1.65G [00:08<00:53, 26.1MB/s]
15%|█████▊ | 254M/1.65G [00:08<00:41, 33.6MB/s]
16%|██████ | 262M/1.65G [00:08<00:31, 44.3MB/s]
16%|██████▏ | 269M/1.65G [00:08<00:27, 50.3MB/s]
17%|██████▎ | 277M/1.65G [00:08<00:24, 57.0MB/s]
17%|██████▌ | 283M/1.65G [00:08<00:25, 53.9MB/s]
18%|██████▋ | 291M/1.65G [00:09<00:22, 59.8MB/s]
18%|██████▊ | 298M/1.65G [00:09<00:21, 63.8MB/s]
18%|███████ | 305M/1.65G [00:09<00:23, 57.3MB/s]
19%|███████▏ | 312M/1.65G [00:09<00:21, 61.9MB/s]
19%|███████▎ | 320M/1.65G [00:09<00:19, 67.4MB/s]
20%|███████▌ | 327M/1.65G [00:09<00:19, 67.4MB/s]
20%|███████▋ | 334M/1.65G [00:09<00:21, 62.6MB/s]
21%|███████▊ | 341M/1.65G [00:09<00:20, 63.2MB/s]
21%|████████ | 349M/1.65G [00:09<00:19, 67.4MB/s]
22%|████████▏ | 357M/1.65G [00:10<00:18, 71.2MB/s]
22%|████████▎ | 364M/1.65G [00:10<00:19, 67.0MB/s]
23%|████████▌ | 372M/1.65G [00:10<00:18, 70.8MB/s]
23%|████████▋ | 379M/1.65G [00:10<00:18, 68.7MB/s]
23%|████████▉ | 387M/1.65G [00:10<00:17, 70.7MB/s]
24%|█████████ | 395M/1.65G [00:10<00:17, 72.5MB/s]
24%|█████████▏ | 402M/1.65G [00:10<00:17, 71.0MB/s]
25%|█████████▍ | 409M/1.65G [00:10<00:18, 66.6MB/s]
25%|█████████▌ | 416M/1.65G [00:10<00:20, 61.6MB/s]
26%|█████████▋ | 422M/1.65G [00:11<00:20, 61.5MB/s]
26%|█████████▊ | 429M/1.65G [00:11<00:23, 52.4MB/s]
26%|█████████▉ | 434M/1.65G [00:11<00:24, 49.2MB/s]
27%|██████████ | 439M/1.65G [00:11<00:24, 49.1MB/s]
27%|██████████▏ | 444M/1.65G [00:11<00:25, 47.6MB/s]
27%|██████████▎ | 449M/1.65G [00:11<00:24, 48.7MB/s]
27%|██████████▍ | 454M/1.65G [00:11<00:25, 47.2MB/s]
28%|██████████▌ | 460M/1.65G [00:11<00:23, 50.8MB/s]
28%|██████████▋ | 467M/1.65G [00:11<00:21, 55.6MB/s]
29%|██████████▊ | 473M/1.65G [00:12<00:21, 55.3MB/s]
29%|██████████▉ | 478M/1.65G [00:12<00:21, 53.5MB/s]
29%|███████████▏ | 484M/1.65G [00:12<00:21, 54.8MB/s]
30%|███████████▎ | 490M/1.65G [00:12<00:21, 54.5MB/s]
30%|███████████▍ | 497M/1.65G [00:12<00:19, 60.4MB/s]
30%|███████████▌ | 504M/1.65G [00:12<00:18, 62.9MB/s]
31%|███████████▋ | 511M/1.65G [00:12<00:18, 63.2MB/s]
31%|███████████▉ | 517M/1.65G [00:12<00:18, 61.4MB/s]
32%|████████████ | 525M/1.65G [00:12<00:17, 65.9MB/s]
32%|████████████▏ | 531M/1.65G [00:13<00:18, 61.7MB/s]
33%|████████████▎ | 537M/1.65G [00:13<00:18, 60.2MB/s]
33%|████████████▌ | 546M/1.65G [00:13<00:16, 67.4MB/s]
34%|████████████▋ | 554M/1.65G [00:13<00:15, 70.1MB/s]
34%|████████████▉ | 561M/1.65G [00:13<00:16, 65.1MB/s]
34%|█████████████ | 567M/1.65G [00:13<00:18, 58.7MB/s]
35%|█████████████▏ | 573M/1.65G [00:13<00:18, 59.0MB/s]
35%|█████████████▎ | 580M/1.65G [00:13<00:17, 59.7MB/s]
35%|█████████████▍ | 586M/1.65G [00:13<00:17, 59.8MB/s]
36%|█████████████▌ | 592M/1.65G [00:14<00:17, 61.7MB/s]
36%|█████████████▊ | 599M/1.65G [00:14<00:17, 61.1MB/s]
37%|█████████████▉ | 605M/1.65G [00:14<00:16, 61.9MB/s]
37%|██████████████ | 611M/1.65G [00:14<00:16, 61.7MB/s]
37%|██████████████▏ | 617M/1.65G [00:14<00:21, 49.1MB/s]
38%|██████████████▎ | 624M/1.65G [00:14<00:19, 53.8MB/s]
38%|██████████████▌ | 631M/1.65G [00:14<00:17, 57.0MB/s]
39%|██████████████▋ | 638M/1.65G [00:14<00:16, 61.0MB/s]
39%|██████████████▊ | 645M/1.65G [00:14<00:15, 63.6MB/s]
39%|██████████████▉ | 652M/1.65G [00:15<00:15, 63.1MB/s]
40%|███████████████▏ | 660M/1.65G [00:15<00:14, 68.9MB/s]
40%|███████████████▎ | 667M/1.65G [00:15<00:14, 67.1MB/s]
41%|███████████████▍ | 674M/1.65G [00:15<00:16, 60.6MB/s]
41%|███████████████▋ | 680M/1.65G [00:15<00:15, 61.6MB/s]
42%|███████████████▊ | 686M/1.65G [00:15<00:20, 46.6MB/s]
42%|███████████████▉ | 692M/1.65G [00:15<00:19, 49.7MB/s]
42%|████████████████ | 700M/1.65G [00:15<00:17, 55.7MB/s]
43%|████████████████▏ | 706M/1.65G [00:16<00:16, 58.0MB/s]
43%|████████████████▍ | 714M/1.65G [00:16<00:15, 62.0MB/s]
44%|████████████████▌ | 722M/1.65G [00:16<00:13, 66.6MB/s]
44%|████████████████▊ | 729M/1.65G [00:16<00:13, 68.5MB/s]
45%|████████████████▉ | 736M/1.65G [00:16<00:13, 68.8MB/s]
45%|█████████████████ | 743M/1.65G [00:16<00:13, 68.6MB/s]
45%|█████████████████▏ | 750M/1.65G [00:16<00:13, 67.3MB/s]
46%|█████████████████▍ | 757M/1.65G [00:16<00:13, 64.1MB/s]
46%|█████████████████▌ | 764M/1.65G [00:16<00:13, 66.1MB/s]
47%|█████████████████▋ | 771M/1.65G [00:16<00:13, 66.3MB/s]
47%|█████████████████▊ | 777M/1.65G [00:17<00:15, 58.2MB/s]
47%|██████████████████ | 784M/1.65G [00:17<00:14, 61.5MB/s]
48%|██████████████████▏ | 793M/1.65G [00:17<00:12, 67.5MB/s]
48%|██████████████████▍ | 800M/1.65G [00:17<00:13, 65.4MB/s]
49%|██████████████████▌ | 806M/1.65G [00:17<00:13, 60.5MB/s]
49%|██████████████████▋ | 813M/1.65G [00:17<00:13, 62.0MB/s]
50%|██████████████████▊ | 819M/1.65G [00:17<00:14, 57.8MB/s]
50%|██████████████████▉ | 825M/1.65G [00:17<00:15, 54.6MB/s]
50%|███████████████████ | 831M/1.65G [00:17<00:15, 53.1MB/s]
51%|███████████████████▏ | 836M/1.65G [00:18<00:15, 52.6MB/s]
51%|███████████████████▎ | 841M/1.65G [00:18<00:15, 51.8MB/s]
51%|███████████████████▍ | 847M/1.65G [00:18<00:16, 48.6MB/s]
52%|███████████████████▌ | 853M/1.65G [00:18<00:15, 52.3MB/s]
52%|███████████████████▊ | 860M/1.65G [00:18<00:13, 58.3MB/s]
53%|███████████████████▉ | 869M/1.65G [00:18<00:11, 65.4MB/s]
53%|████████████████████▏ | 876M/1.65G [00:18<00:12, 63.9MB/s]
53%|████████████████████▎ | 882M/1.65G [00:18<00:15, 49.5MB/s]
54%|████████████████████▍ | 888M/1.65G [00:19<00:15, 47.9MB/s]
54%|████████████████████▌ | 893M/1.65G [00:19<00:15, 48.9MB/s]
54%|████████████████████▋ | 898M/1.65G [00:19<00:15, 48.8MB/s]
55%|████████████████████▊ | 903M/1.65G [00:19<00:15, 49.5MB/s]
55%|████████████████████▉ | 908M/1.65G [00:19<00:17, 42.1MB/s]
55%|█████████████████████ | 913M/1.65G [00:19<00:16, 44.6MB/s]
56%|█████████████████████ | 919M/1.65G [00:19<00:15, 46.4MB/s]
56%|█████████████████████▏ | 924M/1.65G [00:19<00:16, 44.8MB/s]
56%|█████████████████████▎ | 930M/1.65G [00:19<00:15, 47.9MB/s]
57%|█████████████████████▌ | 936M/1.65G [00:20<00:13, 53.5MB/s]
57%|█████████████████████▋ | 942M/1.65G [00:20<00:13, 54.3MB/s]
57%|█████████████████████▊ | 949M/1.65G [00:20<00:12, 57.9MB/s]
58%|█████████████████████▉ | 955M/1.65G [00:20<00:13, 53.4MB/s]
58%|██████████████████████ | 960M/1.65G [00:20<00:13, 51.1MB/s]
58%|██████████████████████▏ | 966M/1.65G [00:20<00:12, 53.6MB/s]
59%|██████████████████████▎ | 972M/1.65G [00:20<00:12, 53.5MB/s]
59%|██████████████████████▍ | 977M/1.65G [00:20<00:14, 46.0MB/s]
59%|██████████████████████▌ | 983M/1.65G [00:20<00:13, 47.9MB/s]
60%|██████████████████████▋ | 988M/1.65G [00:21<00:14, 47.0MB/s]
60%|██████████████████████▊ | 994M/1.65G [00:21<00:12, 51.2MB/s]
60%|██████████████████████▍ | 1.00G/1.65G [00:21<00:12, 53.5MB/s]
61%|██████████████████████▌ | 1.01G/1.65G [00:21<00:11, 56.8MB/s]
61%|██████████████████████▋ | 1.01G/1.65G [00:21<00:10, 60.2MB/s]
62%|██████████████████████▊ | 1.02G/1.65G [00:21<00:09, 63.4MB/s]
62%|███████████████████████ | 1.03G/1.65G [00:21<00:09, 69.0MB/s]
63%|███████████████████████▏ | 1.04G/1.65G [00:21<00:08, 74.3MB/s]
63%|███████████████████████▍ | 1.05G/1.65G [00:21<00:08, 75.9MB/s]
64%|███████████████████████▌ | 1.05G/1.65G [00:22<00:08, 68.1MB/s]
64%|███████████████████████▋ | 1.06G/1.65G [00:22<00:08, 67.1MB/s]
65%|███████████████████████▉ | 1.07G/1.65G [00:22<00:08, 66.3MB/s]
65%|████████████████████████ | 1.07G/1.65G [00:22<00:09, 59.3MB/s]
65%|████████████████████████▏ | 1.08G/1.65G [00:22<00:09, 61.9MB/s]
66%|████████████████████████▎ | 1.09G/1.65G [00:22<00:09, 60.7MB/s]
66%|████████████████████████▍ | 1.09G/1.65G [00:22<00:08, 63.0MB/s]
67%|████████████████████████▋ | 1.10G/1.65G [00:22<00:08, 62.5MB/s]
67%|████████████████████████▊ | 1.11G/1.65G [00:22<00:08, 66.6MB/s]
67%|████████████████████████▉ | 1.12G/1.65G [00:23<00:07, 69.5MB/s]
68%|█████████████████████████▏ | 1.12G/1.65G [00:23<00:07, 68.8MB/s]
68%|█████████████████████████▎ | 1.13G/1.65G [00:23<00:07, 68.9MB/s]
69%|█████████████████████████▍ | 1.14G/1.65G [00:23<00:07, 71.6MB/s]
69%|█████████████████████████▌ | 1.14G/1.65G [00:23<00:07, 71.3MB/s]
70%|█████████████████████████▊ | 1.15G/1.65G [00:23<00:07, 70.9MB/s]
70%|█████████████████████████▉ | 1.16G/1.65G [00:23<00:06, 71.8MB/s]
71%|██████████████████████████ | 1.17G/1.65G [00:23<00:07, 62.1MB/s]
71%|██████████████████████████▎ | 1.17G/1.65G [00:23<00:08, 57.7MB/s]
71%|██████████████████████████▍ | 1.18G/1.65G [00:24<00:09, 49.5MB/s]
72%|██████████████████████████▌ | 1.18G/1.65G [00:24<00:09, 51.3MB/s]
72%|██████████████████████████▋ | 1.19G/1.65G [00:24<00:08, 53.6MB/s]
72%|██████████████████████████▊ | 1.20G/1.65G [00:24<00:10, 43.9MB/s]
73%|██████████████████████████▉ | 1.20G/1.65G [00:24<00:10, 44.5MB/s]
73%|██████████████████████████▉ | 1.21G/1.65G [00:24<00:10, 44.2MB/s]
73%|███████████████████████████▏ | 1.21G/1.65G [00:24<00:08, 53.2MB/s]
74%|███████████████████████████▎ | 1.22G/1.65G [00:24<00:07, 57.3MB/s]
74%|███████████████████████████▍ | 1.23G/1.65G [00:24<00:07, 59.3MB/s]
75%|███████████████████████████▋ | 1.23G/1.65G [00:25<00:06, 64.1MB/s]
75%|███████████████████████████▊ | 1.24G/1.65G [00:25<00:05, 69.3MB/s]
76%|███████████████████████████▉ | 1.25G/1.65G [00:25<00:05, 68.7MB/s]
76%|████████████████████████████▏ | 1.26G/1.65G [00:25<00:06, 65.6MB/s]
76%|████████████████████████████▎ | 1.26G/1.65G [00:25<00:09, 40.9MB/s]
77%|████████████████████████████▍ | 1.27G/1.65G [00:25<00:10, 37.7MB/s]
77%|████████████████████████████▌ | 1.27G/1.65G [00:25<00:09, 39.5MB/s]
77%|████████████████████████████▌ | 1.28G/1.65G [00:26<00:09, 40.2MB/s]
78%|████████████████████████████▋ | 1.28G/1.65G [00:26<00:08, 44.8MB/s]
78%|████████████████████████████▉ | 1.29G/1.65G [00:26<00:07, 50.8MB/s]
78%|█████████████████████████████ | 1.30G/1.65G [00:26<00:06, 51.7MB/s]
79%|█████████████████████████████▏ | 1.30G/1.65G [00:26<00:06, 51.5MB/s]
79%|█████████████████████████████▎ | 1.31G/1.65G [00:26<00:05, 59.2MB/s]
80%|█████████████████████████████▍ | 1.32G/1.65G [00:26<00:05, 59.4MB/s]
80%|█████████████████████████████▋ | 1.32G/1.65G [00:26<00:04, 65.8MB/s]
81%|█████████████████████████████▊ | 1.33G/1.65G [00:26<00:04, 65.9MB/s]
81%|█████████████████████████████▉ | 1.34G/1.65G [00:27<00:04, 66.7MB/s]
81%|██████████████████████████████ | 1.34G/1.65G [00:27<00:04, 68.2MB/s]
82%|██████████████████████████████▎ | 1.35G/1.65G [00:27<00:04, 64.6MB/s]
82%|██████████████████████████████▍ | 1.36G/1.65G [00:27<00:04, 64.1MB/s]
83%|██████████████████████████████▌ | 1.37G/1.65G [00:27<00:04, 67.5MB/s]
83%|██████████████████████████████▋ | 1.37G/1.65G [00:27<00:04, 68.6MB/s]
84%|██████████████████████████████▉ | 1.38G/1.65G [00:27<00:04, 66.0MB/s]
84%|███████████████████████████████ | 1.39G/1.65G [00:27<00:04, 55.6MB/s]
84%|███████████████████████████████▏ | 1.39G/1.65G [00:28<00:05, 43.5MB/s]
85%|███████████████████████████████▎ | 1.40G/1.65G [00:28<00:05, 46.8MB/s]
85%|███████████████████████████████▍ | 1.41G/1.65G [00:28<00:04, 54.9MB/s]
85%|███████████████████████████████▋ | 1.41G/1.65G [00:28<00:04, 57.3MB/s]
86%|███████████████████████████████▊ | 1.42G/1.65G [00:28<00:04, 54.3MB/s]
86%|███████████████████████████████▉ | 1.42G/1.65G [00:28<00:04, 53.8MB/s]
87%|████████████████████████████████ | 1.43G/1.65G [00:28<00:03, 59.0MB/s]
87%|████████████████████████████████▏ | 1.44G/1.65G [00:28<00:03, 58.4MB/s]
88%|████████████████████████████████▍ | 1.45G/1.65G [00:28<00:03, 64.3MB/s]
88%|████████████████████████████████▌ | 1.45G/1.65G [00:28<00:03, 66.3MB/s]
88%|████████████████████████████████▋ | 1.46G/1.65G [00:29<00:02, 66.2MB/s]
89%|████████████████████████████████▉ | 1.47G/1.65G [00:29<00:02, 72.6MB/s]
89%|█████████████████████████████████ | 1.48G/1.65G [00:29<00:02, 75.0MB/s]
90%|█████████████████████████████████▎ | 1.49G/1.65G [00:29<00:02, 78.8MB/s]
90%|█████████████████████████████████▍ | 1.49G/1.65G [00:29<00:02, 75.3MB/s]
91%|█████████████████████████████████▌ | 1.50G/1.65G [00:29<00:02, 64.7MB/s]
91%|█████████████████████████████████▊ | 1.51G/1.65G [00:29<00:02, 62.3MB/s]
92%|█████████████████████████████████▉ | 1.51G/1.65G [00:29<00:02, 63.2MB/s]
92%|██████████████████████████████████ | 1.52G/1.65G [00:29<00:02, 62.7MB/s]
92%|██████████████████████████████████▏ | 1.53G/1.65G [00:30<00:02, 61.8MB/s]
93%|██████████████████████████████████▎ | 1.53G/1.65G [00:30<00:02, 53.3MB/s]
93%|██████████████████████████████████▍ | 1.54G/1.65G [00:30<00:02, 51.9MB/s]
93%|██████████████████████████████████▌ | 1.55G/1.65G [00:30<00:02, 47.7MB/s]
94%|██████████████████████████████████▋ | 1.55G/1.65G [00:30<00:02, 44.8MB/s]
94%|██████████████████████████████████▊ | 1.55G/1.65G [00:30<00:02, 42.8MB/s]
94%|██████████████████████████████████▉ | 1.56G/1.65G [00:30<00:02, 43.5MB/s]
95%|███████████████████████████████████ | 1.57G/1.65G [00:30<00:01, 49.2MB/s]
95%|███████████████████████████████████▏ | 1.57G/1.65G [00:31<00:01, 53.5MB/s]
95%|███████████████████████████████████▎ | 1.58G/1.65G [00:31<00:01, 50.4MB/s]
96%|███████████████████████████████████▍ | 1.58G/1.65G [00:31<00:01, 49.3MB/s]
96%|███████████████████████████████████▌ | 1.59G/1.65G [00:31<00:01, 46.2MB/s]
96%|███████████████████████████████████▋ | 1.59G/1.65G [00:31<00:01, 48.5MB/s]
97%|███████████████████████████████████▊ | 1.60G/1.65G [00:31<00:00, 55.9MB/s]
97%|███████████████████████████████████▉ | 1.61G/1.65G [00:31<00:00, 58.3MB/s]
98%|████████████████████████████████████ | 1.61G/1.65G [00:31<00:00, 56.8MB/s]
98%|████████████████████████████████████▏| 1.62G/1.65G [00:31<00:00, 54.0MB/s]
98%|████████████████████████████████████▎| 1.62G/1.65G [00:32<00:00, 45.3MB/s]
99%|████████████████████████████████████▍| 1.63G/1.65G [00:32<00:00, 42.2MB/s]
99%|████████████████████████████████████▌| 1.63G/1.65G [00:32<00:00, 40.9MB/s]
99%|████████████████████████████████████▋| 1.64G/1.65G [00:32<00:00, 42.7MB/s]
99%|████████████████████████████████████▊| 1.64G/1.65G [00:32<00:00, 44.3MB/s]
100%|████████████████████████████████████▉| 1.65G/1.65G [00:32<00:00, 48.4MB/s]
0%| | 0.00/1.65G [00:00<?, ?B/s]
100%|█████████████████████████████████████| 1.65G/1.65G [00:00<00:00, 7.84TB/s]
Download complete in 01m04s (1576.2 MB)
Opening raw data file /home/docs/mne_data/MNE-misc-data/seeg/sample_seeg_ieeg.fif...
Range : 1310640 ... 1370605 = 1311.411 ... 1371.411 secs
Ready.
make matching subject directory for subject if it doesn’t exist
if not os.path.exists(os.path.join(subjects_dir, "1")):
os.symlink(os.path.join(subjects_dir, 'sample'),
os.path.join(subjects_dir, '1'))
Load the Data¶
raw = mne.io.read_raw(misc_path / "seeg" / "sample_seeg_ieeg.fif")
Opening raw data file /home/docs/mne_data/MNE-misc-data/seeg/sample_seeg_ieeg.fif...
Range : 1310640 ... 1370605 = 1311.411 ... 1371.411 secs
Ready.
Plot the Brain¶
fig1 = plot_subj(raw, subj_dir=subjects_dir)
mne.viz.set_3d_view(fig1, azimuth=150, elevation=70, focalpoint="auto",
distance="auto")
False
Plot the data on an average brain¶
fig2 = plot_on_average([raw], subj_dir=subjects_dir, rm_wm=False, hemi='both')
mne.viz.set_3d_view(fig2, azimuth=150, elevation=70, focalpoint="auto",
distance="auto")
False
Plot single subject on average brain¶
fig2 = plot_on_average(raw,
subj_dir=subjects_dir,
rm_wm=False,
hemi='both')
mne.viz.set_3d_view(fig2, azimuth=150, elevation=70, focalpoint="auto",
distance="auto")
False
Total running time of the script: (1 minutes 21.331 seconds)
Estimated memory usage: 725 MB
Related examples
